今から１２００年前の８０６年に神社が創建されました。阿蘇の広大な原野を開拓し、その守り神として阿蘇山のふもとに鎮まる阿蘇神社の御祭神十二神のうち、三神の御分霊が、重陽の日９月９日に青井阿蘇神社に祀られました。
　本殿、廊、幣殿、拝殿、楼門の建造物五棟と、附（つけたり）として造営時の棟札一枚と改築の年代や内容が明記された銘札五枚が国宝指定を受けています。